A Igreja porém não tinha capela-mor. A construção da capela-mor implicava o desbaste do maciço rochoso da colina da Vitória. Só em 1584 Manuel Luís será chamado de Amarante (onde foi mestre de obras em 1581-1584 no Convento de S.Gonçalo) para a construir, empreendimento patricionado pela herança deixada por D.Lopo de Almeida, que morrera esse ano em Madrid. Esta capela-mor está inspirada na capela-mor  do Mosteiro dos Jerónimos de Jerónimo Ruão (1567-1572) filho de João de Ruão. Um retábulo pétreo semicircular envolvido por uma abside e a sobreposição de ordens nos alçados interiores. A capela-mor  foi construída entre 1584 e 1590