Num tempo em que em Portugal o clero era muito numeroso, muitos dos seus membros enfrentavam grandes dificuldades ao longo da vida, pelo que a concentração de toda a assistência numa única instituição representou um assinalável volume de serviços e uma dinâmica que rapidamente tornou clara a insuficiência das instalações iniciais, localizadas em casa emprestada: a Igreja da Misericórdia.

A necessidade urgente de um espaço próprio permitiu ultrapassar os estigmas resultantes da peculiar vizinhança e, em 1731, quando era presidente o deão Jerónimo de Távora e Noronha, foi solicitado um projeto para a nova igreja a Nicolau Nasoni, Artista italiano de Siena, que trabalhava nas obras da Sé e na Quinta dos Cónegos na Maia.

A obra vai começar pela Igreja 1732-1749, com grandes dificuldades pela inclinação do terreno, e problemas com a sustentação do peso da fachada nas fundações.  A Casa da Irmandade e a Torre são construidos entre 1750-1763, num terreno adquirido denominado "Adro dos Justiçados ou Enforcados".

De planta eliptica centrada, coberta por cúpola, é um exemplar do barroco de granito, já com influencias de rocócó. O Altar-mor 1767-1780 é de pedra de mármore de várias côres, com risco de Manuel dos Santos Porto.