A Capela de S. Miguel situa-se à esquerda da Torre e substituiu um pegueno oratório medievo e privativo do paço, provavelmente do séc. XII. As obras de construção do edificio que hoje se vê começaram em 1517, tendo essa fase terminado em meados da centúria, mas, nos séc. XVII e XVIII novas remodelações tiverám lugar. As obras quinhentistas foram planeadas e dirigidas por Marcos Pires, autor do maravilhoso portal (porta lateral), uma das obras primas de estilo manuelino de feição naturalista, entre 1517 e 1521, tendo ficado os acabamentos a cargo de Diogo de Castilho.