No reinado de D.Manuel, o mosteiro é reformulado. 

O bispo D.Pedro Vaz Gavião que teria acompanhado D.Manuel a Santiago de Compostela em 1502 é nomeado prior do mosteiro, e inicia a campanha de renovação. Jacques Boytac que trabalha em Portugal (Jerónimos,Torre de Belém,Convento de Jesus de Setúbal) desde 1492  é o mestre, e organiza a nova igreja com nave única de volumetria vertical que se conecta com as capelas laterais. 

Entre 1518-22 é terminado o claustro manuelino, agora sob as ordens do mestre Marcos Pires, Boytac  é “Mestre das Obras do Reino" e parte para Arzila onde trata de refazer as defesas daquela praça forte norte-africana. D.Manuel pretende enaltecer os primeiros Reis de Portugal, mudando os túmulos do antigo claustro, para a capela-mor, em dois túmulos de elevadíssima qualidade, idealizados por Nicolau Chanterene e Diogo de Castilho, e esculpidos pela mesma equipe que trabalhou nos portais dos Jerónimos. O portal axial, é também obra da mesma equipe de artistas. A beleza desta fachada reside na solução de usar o tom claro da Pedra de Ançã para o Portal axial, ressaltando-o e destacando-o por contraste do tom do amarelo da fachada de calcário da zona do Bordalo.

Por iniciativa do prior D.Pedro Gavião, em 1507 foi iniciada a reformulação do edificio Romanico. Boytac é o mestre, e organiza a nova igreja com nave única de volumetria vertical que se conecta com as capelas laterais. A actual reconstrução permite ao visitante ver algumas das estruturas do antigo mosteiro românico.

A forma da antiga igreja romanica, parece ter sido de 3 naves. Preservaram os arcos e pilares de entre nave central e a nave lateral na parede da actual zona do nartex, debaixo do coro alto.