Este edifício é o resultado de uma série de anexações, reformas e acrescentos a partir do núcleo dos velhos Paços do Concelho, a que a grande remodelação e ampliação iniciada em 1849 procurou dar uma certa unidade. Aglomera o antigo Hospital do Espírito Santo, que serviu de posto de assistência dos peregrinos a Santiago de Compostela e a antiga Capela de Santa Maria, ambos do século XIV. A Torre e Casa da Câmara são do século XV e a Igreja da Misericórdia do século XVI. Todas as faces da história deste(s) edifício(s) foram-lhe devolvidas já nos nossos dias através de uma ação de reabilitação e valorização.

A Misericórdia barcelense teria sido, segundo alguns autores, fundada em 1500. Outros, porém, apontam o ano de 1518.

A primeira pedra da igreja velha da Misericórdia de Barcelos, com frontispício, contíguo ao do Paço do Concelho, voltado para a Praça da Vila e as habitações que se localizavam junto da capela-mor da Matriz, seria lançada, segundo Domingos Pereira, abade de Louro, em 22 de Janeiro de 1593 

A maior parte do hospital teria sido reedificada no século XVIII, tendo os reis D. João V, em 1715 e D. José I, em 1755, concedido para esse efeito a terça parte de uma contribuição designada «ceitil», durante alguns anos 

A igreja velha da Misericórdia de Barcelos seria desactivada, em 1846. A construção dos novos Paços do Concelho obrigaria à demolição da sua fachada e coberturas, chegando até nós apenas as paredes laterais da nave e da capela-mor, bem como o arco cruzeiro.