Na igreja conventual, o claustro encostado à igreja “para onde, no rés-do-chão, abriam as salas em que se realizavam os restantes actos da vida comum, a casa ou sala do capítulo para as reuniões solenes de instrução e correcção e governo, às quais assistiam os frades de todos os tempos, porque a sala era também cemitério, o refeitório, com as dependências de sua serventia, e algumas vezes a biblioteca; em cima, a toda a volta, corriam os dormitórios, com celas individuais para o estudo e repouso; ao redor do edifício, campo clausurado para espairecimento e amanho". Este claustro de estilo maneirista, é composto de dois pisos, com arcaria de volta perfeita entre contrafortes, no primeiro, e colunata jónica, no segundo. Mateus Lopes, ao riscar este claustro, ter-se-á inspirado no de São João de Poio, em Pontevedra, na Galiza, feito uns anos antes por ele. A Fonte central, com taças sobrepostas.

Quatro alas com abóbadas de arestas, cada uma perfilando cinco arcos de volta perfeita assentes, dois a dois, em pedestal contínuo, restando o central como abertura, pautados por grossos pilares que avançam face ao pano arquivoltado; a ornamentação, desde o jónico estilizado nos pilares às chaves ou pendentes do fecho das arestas da abóbada, às mísulas que encerram a arcaria, bem como aos quatro mascarões maneiristas que coroam estas nos ângulos da quadratura