O convento de S. Gonçalo de Amarante foi fundado em 1540 por D. João III, sendo lançada a primeira pedra em 1543 (por Frei João de Ledesma), iniciando-se as obras pelas áreas de anexos e serviços, dormitórios, refeitórios e sacristia. A sua construção irá prolongar-se até ao reinado de Filipe I de Portugal, como está bem patente na inscrição das majestosas bases das colunas que enquadram o arco da capela-mor e na “Varanda dos Reis”, onde estão patentes as imagens dos “patrocinadores” da obra: D. João III (1521-1557), D. Sebastião (1557-1578), Cardeal D. Henrique (1578-1580) e D. Filipe I (1580- -1598). O portal apresenta nítidas semelhanças com os portais da Igreja de São Domingos, em Viana do Castelo. A geografia do local, rio Tâmega dum lado, rocha granítica do outro, causou grandes dificuldades ao início da obra, tendo sido muito custoso alicerçar as fundações da construção. O segundo claustro foi construído posteriormente, logo nas primeiras décadas de seiscentos. A cúpula, zimbório e janelas foram construídos pelo mestre Domingos de Freitas a partir de 1641