Основана эта обитель была при астраханском митрополите Савватии (1683-1696 гг.) благодаря его личной инициативе и на его собственные средства. Первые упоминания о монастыре восходят к 1688 году, коегда его строитель старец Александр с братией просили митрополита о дозволении выстроить им каменную церковь в честь Святого Пророка и Предтечи Господня Иоанна. Строительство соборного храма закончено было при третьем настоятеле обители - старце Герасиме и при новом астраханском митрополите Сампсоне, старанием которых он и был освящён 19 октября 1697 г.