梁武帝天监十三年(514年)，神僧宝志口念“菩萨当去耳”，无疾而终。非常敬重他的梁武帝出资20万铜钱将宝志葬于紫金山的独龙阜(即今明太祖墓地)，梁武帝之女永定公主也以汤沐之资建浮屠五级，名“志公塔”。次年又在宝公塔前建造了“开善精舍”，此即史载的开善寺。
     唐乾符年间(874—879年)，开善寺改名宝公禅院。南唐开宝三年(970年)又改名为开善道场。北宋太平兴国七年(982年)，宋太宗封宝志为道林真觉，诏改开善道场为太平兴国寺。到了明朝初年，太平兴国寺再次更名蒋山寺。不久，朱元璋选中了这块风水宝地，欲在此为自己建陵墓，至此，蒋山寺的住持长老仲羲不得不迁寺于独龙岗之东麓，并改寺名灵谷寺。
     而现在的灵谷寺，原为龙神庙。在今天的灵古寺还能找到很多当年龙神庙的遗迹留存，如“灵谷寺龙神庙记” 碑和“祈雨碑”。
     1928年国民党二次北伐告成，全国统一在即，为安葬在北伐战争中阵亡的官兵，“以慰忠魂”，当年11月，中国国民党中央执行委员会决定在灵谷寺旧址上，建造国民革命军阵亡将士公墓。寺址上尚存佛物全部归入龙神庙中，从此规模不大的龙神庙就成了灵谷寺。五十年代初，阵亡将士公墓改为灵谷公园，七十年代始，重新修葺的灵谷寺又辟为玄奘法师纪念堂。
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