O edifício do Convento de Jesus foi fundado em 1490 pela ama do rei D. Manuel I, Justa Rodrigues Pereira. O Rei D. João II manda ampliar o projecto, entregando-o ao famoso arquitecto Diogo Boitaca em 1494, e em 1496 era já ocupado pelas Freiras Clarissas. 

A Igreja Gótica apresenta um interior sumptuoso, e foi o primeiro ensaio no País de uma “igreja salão”, conferindo uma unidade do espaço, com as três naves abobadadas à mesma altura, permitindo uma iluminação uniforme do interior. A Igreja é famosa pelas suas belas colunas torsas feitas em brecha (uma pedra típica da Serra da Arrábida) que sustentam as abóbadas. 
No tecto estão presentes nervuras espiraladas que viriam a ser um dos grandes marcos do estilo Manuelino, e que aqui parecem ser dos primeiros exemplares onde foram utilizadas. 
Na capela-mor existia um belo retábulo renascentista, que agora se encontra na Galeria de Pintura Renascentista anexa à Igreja.

Este Monumento Nacional foi adquirindo um estado elevado de degradação e tem sido nos últimos anos alvo de um grande projecto de recuperação e restauro que tem sofrido muitas alterações, cortes orçamentais e contrariedades, embora alguns trabalhos de restauro tenham tido lugar mais recentemente. 

No Convento funciona também o Museu de Setúbal que alberga diferentes núcleos como a “Casa Bocage”, “Casa do Corpo Santo / Museu do Barroco” e o “Museu Sebastião da Gama”, apresentado colecções na área da arte, história, arqueologia, numismática e arte contemporânea.