Llamado así por encontrarse en él la antigua casona de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, considerada como la primera universidad en América. Esta universidad se instaló en esa ubicación en 1867 ya que su anterior local fue ocupado por el Congreso de la República. Hasta 1965 la universidad se ubicaba en esta casona, trasladándose a su actual campus. Al acoger a la universidad, el Parque Universitario fue escenario de manifestaciones y revueltas de estudiantiles.

La construcción del parque se da en los años 1870 luego de que se iniciara la demolición de las murallas de Lima. Luego de varios años de deterioro durante los años 1980 y 1990, el Parque Universitario ha sido renovado y se han construido algunas piletas ornamentales así como también un cerco perimetral.

En este parque se encuentran varios monumentos así como un reloj monumental obsequiado a la ciudad por parte de la colonia Alemana con motivo del centenario de la Independencia del Perú, en 1921. Asimismo, al costado de la Casona de San Marcos se encuentra el Panteón de los Próceres.