Tento kostel, uzavírající svým průčelím Staroměstské náměstí spolu s budovou arciděkanství, podle Hájkovy kroniky původně dřevěný, byl postaven současně s hradem za doby Boleslava II. Zbožného koncem 10. stol. a zasvěcen Matce Boží. Kostel Matky Boží byl umístěn při hradbách města při fortně, kterou se vcházelo na předměstí, pozdější Nové Město. Na žádost měšťanů povolil král Václav IV. r. 1406 stavbu kamenného chrámu, který si svou podobu zachoval v hlavních rysech až do dnešních dob. Pro husitské bouře byla stavba kostela zastavena a pokračovalo se až v 2. polovině XV. stol. Kněžiště bylo zaklenuto r. 1470, jak to potvrzuje štít pánů z Cimburka, zasazený uvnitř klenáku. Patrně kvůli neutěšené politické i náboženské situaci byla stavba znovu zastavena a chrámová loď se dočkala zaklenutí až r. 1566 za pánů Krajířů z Krajku, což dosvěd-čují rodové znaky na emporách.