Bereits Ende des 13. Jahrhunderts erhielt Schönberg von den Grafen von Hals das Marktrecht. Der Markt Schönberg gehörte zum Rentamt Straubing und zum Landgericht Bärnstein des Kurfürstentums Bayern. Schönberg besaß ein Marktgericht mit magistratischen Eigenrechten. Gegen Ende des Dreißigjährigen Krieges wurde es 1648 zweimal von schwedischen Truppen geplündert. Im Österreichischen Erbfolgekrieg plünderten 1742 die Panduren den Ort. Da Schönberg keinen Anschluss an eine Bahnlinie fand, wurde es in anderer Hinsicht bevorzugt: Am 1. Juli 1908 konnte der erste Motorpostwagen der Postmotorwagenlinie Passau–Schönberg begrüßt werden. Anfangs gab es täglich zwei Fahrten in jede Richtung. Die gelb gestrichenen Postomnibusse waren 35 PS stark und erreichten eine Geschwindigkeit von 15 km/h. Bereits zwei Jahre später wurde die Linie bis Grafenau verlängert. Gegen Ende des Zweiten Weltkrieges erlitten die Pfarrkirche und große Teile des Marktes Zerstörungen. Am 1. Januar 1971 kam im Zuge der Gebietsreform die Gemeinde Hartmannsreit zu Schönberg, am 1. Mai 1978 auch die Gemeinden Eberhardsreuth und Kirchberg. Am 1. November 1983 erhielt Schönberg den Titel eines staatlich anerkannten Luftkurortes.

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