Nel 1210 venne quindi costruita una camera destinata ad accogliere le ossa provenienti dal cimitero, al fianco del quale nel 1269 sorse la chiesa.
A seguito del crollo del campanile di Santo Stefano nel 1642, la chiesa venne ristrutturata una prima volta nel 1679 da Giovanni Andrea Biffi (uno degli architetti della Fabbrica del Duomo di Milano), che intervenne principalmente sulla facciata dandole un aspetto di tipo "civile", e sull'Ossario che ebbe le pareti decorate da teschi e tibie umane, confacenti ai tempi che avevano visto pestilenze e carestie.
Diversi anni dopo l'incendio, avvenuto nel 1712, che distrusse la chiesetta originaria, intervenne Carlo Giuseppe Merlo (anch'egli architetto della Fabbrica del Duomo) aggiungendovi la grande chiesa a pianta centrale. Questa chiesa fu collegata alla chiesetta originale, trasformata in ambulacro, attraverso un arco di trionfo.
Santo patrono venne scelto San Bernardino da Siena, da poco elevato agli onori degli altari.

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