En el altar mayor se halla un retablo barroco de madera dorada, que tiene banco, un cuerpo con tres calles y ático, data del segundo tercio sel siglo XVII de la escuela madrileña. La pintura fue encargada a Francisco Rizzi por el arzobispo de Alcala de Henares. Éste, ejecuto la obra hacia 1655, en el lienzo se destaca "El Martirio de San Pedro". ademas en el retablo principal también se pueden observar otros lienzos de menor tamaño "La anunciacion", "La Adoración","La Adoración de los Pastores","La Epifanía", "Presentación en el Templo", "Cristo en la Santa cena" y en el aticola "Coronacion de la Virgen". Rematando los extremos del establo figuran las tallas anonimas de San Pedro y de San Pablo.